Nosilac odobrenja za korišćenje radio-frekvencija dužan je da Agenciji plaća godišnju naknadu za korišćenje radio-frekvencija, koja se koristi isključivo za pokrivanje troškova upravljanja i nadzora korišćenja radio-frekvencijskog spektra.
Visina godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija, iskazana u bodovima, utvrđuje se na osnovu Pravilnika o metodologiji i načinu obračuna visine godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija. Shodno iznosu ukupnih godišnjih troškova za upravljanje i nadzor korišćenja radio-frekvencijskog spektra, utvrđenog finansijskim planom Agencije za konkretnu godinu, Agencija odlukom utvrđuje novčanu vrijednost boda, na osnovu koje se utvrđuje novčani iznos godišnje naknade koju za tu godinu plaćaju korisnici radio-frekvencija po osnovu odobrenja koja posjeduju.
Nosilac odobrenja za korišćenje radio-frekvencija dužan je da plaća i godišnju naknadu za pokrivanje troškova administriranja radio-frekvencijskog spektra, prema cjenovniku kog je utvrdila Vlada Crne Gore Odlukom o cjenovniku godišnje naknade za pokrivanje troškova administriranja radio-frekvencijskog spektra("Službeni list Crne Gore ", broj 16/14). Ova naknada predstavlja procentualni dio godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija i ne može biti veća od 10%. Naknada za pokrivanje troškova administriranja radio-frekvencijskog spektra se uplaćuje u budžet Crne Gore najkasnije do 31. decembra za tekuću godinu.
Godišnje naknade za korišćenje radio-frekvencija i administriranje radio-frekvencijskog spektra se obračunavaju od dana izdavanja odobrenja za korišćenje radio-frekvencija za godinu u kojoj je odobrenje izdato, odnosno do isteka perioda važenja odobrenja. Novčani iznos ovih naknada određuje Agencija posebnim rješenjem za svaku kalendarsku godinu.
Obaveze plaćanja naknada za korišćenje i administriranje radio-frekvencijskog spektra su, shodno Zakonu o elektronskim komunikacijama, oslobođeni:
- nadležni državni organi, za radio-frekvencije koje se koriste za potrebe unutrašnjih poslova, nacionalne bezbjednosti i odbrane;
- hitne službe, za radio-frekvencije koje se koriste za potrebe postupanja u hitnim situacijama, kao i zaštite od prirodnih i drugih elementarnih nepogoda;
- emiteri radijskih i/ili televizijskih programa, odnosno operator predajničke multipleks mreže za digitalnu radio-difuziju, za radio-frekvencije koje su planom namjene radio-frekvencijskog spektra namijenjene za radio-difuznu službu;
- emiteri radijskih i/ili televizijskih programa ili drugi subjekti koji za potrebe emitera vrše dopremanje radijskog i/ili televizijskog signala do zemaljskih radio-difuznih predajnika, za radio-frekvencije koje se koriste u tu svrhu i to za stvarno potreban radiofrekvencijski resurs;
- radioamateri, za radio-frekvencije namijenjene radioamaterskim komunikacijama;
- korisnici koji su oslobođeni plaćanja međunarodnim ugovorom
